La Toyota sta per mandare in pensione la MR-S, ma prima di fare ciò, per rendergli gli onori del servizio prestato, la celebrarà con una versione a edizione limitata. Verrà realizzata una “limited edition” di soli 1000 esemplari: le vetture in questione saranno in vendita solo per il mercato giapponese dal 9 gennaio 2007 e sarà caratterizzata da sedili e pannelli delle porte in pelle, nuovo volante sportivo a tre razze e una nuova console con inserti in alluminio. Per la MR-2 Spyder o MR-S “Limited Edition” saranno nuovi anche i cerchi e saranno modificati alcuni punti dell’aerodinamica.